Rafael Arnaiz Barón est né le 9 avril 1911 à Burgos dans une famille de la haute société, profondément religieuse – cette année, on célèbre le centenaire de sa naissance – Pendant qu’il étudiait dans une école de jésuites, il tomba malade avec des fièvres qui l’obligèrent à interrompre ses études. Après sa guérison, son père remercia la Vierge Marie et l’emmena à Saragosse où il le consacra à la Vierge du Pilar.
Plus tard, il déménagea à Madrid où il s’inscrit à l’école supérieure d’architecture. Malgré l’intensité et le rythme de ses études, il prenait le temps d’aller prier à l’oratoire de Caballero de Gracia et de participer aux prières du soir.
Dans la capitale, il prit contact avec le monastère cistercien de l’ordre de Trappe, San Isidro de Dueñas (Palencia), un lieu qui l’attira particulièrement. Il finit par y entrer en 1934 après avoir reçu l’appel de Dieu. Il tomba malade (diabète saccarine), ce qui l’obligea à abandonner trois fois de suite le monastère, mais à chaque fois, il revint car il savait que Dieu allait l’aider et ne le laisserait pas seul.