Le nationalisme religieux de l’Inde s’est toujours méfié du Christianisme et, au lendemain même de l’indépendance (1947), les tracasseries administratives, - telles que l’organisation de quotas d’accès des Jésuites (florissants à l'époque) au sous-continent indien- n’ont pas manqué. Quoi d’étonnant à ce que, des années plus tard encore dans ce monde très identitaire, « depuis l’élection de Narendra Modi en 2014, les chrétiens subissent des pressions croissantes de la part de l’administration hindoue. Début 2022, les Missionnaires de la Charité, la Congrégation de Mère Teresa, en a fait les frais ». Point de la situation par Syvain Dorient dans le mensuel La Nef (février 2022) :
« Les Missionnaires de la Charité ont passé un triste Noël. Le gouvernement indien leur refusait le renouvellement de la licence qui leur permettait de recevoir des dons de l’étranger. Un coup dur pour cette Congrégation vieille de plus de 70 ans, comptant 5000 Sœurs, qui peut se mettre au service des plus pauvres grâce aux ressources financières apportées par les donateurs occidentaux. Le 24 décembre 2021, le ministre de l’Intérieur, Shri Amit Shah, affirma que la Congrégation ne remplissait plus les conditions pour que lui soit accordée la licence lui permettant de recevoir ces dons, la FCRA (Foreign Contributions Regulation Act).
La décision fut vivement critiquée internationalement en raison de la stature de sainte Teresa de Calcutta. Le gouvernement britannique s’est fendu d’une lettre demandant très diplomatiquement « de plus amples informations sur cette décision étonnante ». Lors d’un débat à la Chambre des Lords, Harries de Pentregarth s’étonnait : « Quelle raison pourrait invoquer le gouvernement pour entraver le travail des Missionnaires de la Charité, reconnu dans le monde entier ? […] Je crains qu’il ne répercute les pressions du nationalisme hindou, de peur que des gens n’entrent en contact avec des chrétiens et finissent par se convertir. »
Le 10 janvier 2022, les Missionnaires de la Charité retrouvaient leur licence, peut-être grâce aux pressions internationales. Mais près de 6000 autres Organisations non-gouvernementales (ONG) connaissent des difficultés comparables. L’administration indienne, puissante et tatillonne, exige que les ONG désirant recevoir des fonds de l’étranger renouvellent chaque année une demande de FCRA. Cette pratique, antérieure à l’élection de Narendra Modi, puisqu’elle a été instituée en 2010, s’est considérablement durcie en 2020. Le ministre de l’Intérieur, Shri Amit Shah, imposa un amendement qui permettait de surveiller les membres des ONG, en prenant leurs empreintes digitales, et en autorisant des enquêtes à leur sujet.